Po reorganizacji diecezji w 1992 r. nowy biskup Wacław Świerzawski wielokrotnie podkreślał konieczność zwołania synodu diecezjalnego, który ułatwiłby integrację diecezji obejmującej części dotychczasowych czterech Kościołów partykularnych (sandomierskiego, przemyskiego, lubelskiego i tarnowskiego).
Po zasięgnięciu opinii Rady Kapłańskiej oraz zdania kapłanów podczas rejonowych konferencji została powołana dnia 27 kwietnia Komisja Przygotowawcza, która odbyła trzy posiedzenia. Podczas jej prac omówiono strukturę Synodu, podział na komisje problemowe oraz ustalono termin rozpoczęcia Synodu.
Dnia 7 października 1996 r. biskup Wacław Świerzawski podpisał dekret zwołujący II Synod Diecezji Sandomierskiej, powołując także Sekretariat Synodu, przewodniczących komisji problemowych oraz zatwierdzając regulamin prac synodalnych. Wybrano także delegatów synodalnych spośród kapłanów, sióstr zakonnych i wiernych świeckich.
Uroczysta inauguracja II Synodu Diecezji Sandomierskiej odbyła się 21 listopada 1996 r. w katedrze sandomierskiej i rozpoczęła ją Msza św. Po wspólnej modlitwie członkowie Synodu zebrali się w Domu Katolickim na pierwszej sesji plenarnej.
Hasłem synodu były słowa „Ut unum sint”, „Aby byli jedno” odnoszące się do celu Synodu, hymnem Synodu była pieśń „Chrystusowi cześć i chwała”.
Poszczególne komisje rozpoczęły pracę nad dokumentami synodalnymi. Zaczęto wydawać „Zeszyty Synodalne” zawierające opracowane już schematy dokumentów synodalnych oraz konspekty homilii i katechez poświęconych problematyce zawartej w dokumentach.
W rocznicę inauguracji Synodu dnia 21 listopada 1997 r. odbyła się druga sesja plenarna
Na początku 1998 r. podjęto decyzję przyśpieszenia prac Synodu w związku z planowaną na dzień 12 czerwca 1999 r. wizytą Ojca świętego Jana Pawła II w Sandomierzu.
Podczas trzeciej sesji plenarnej dnia 5 grudnia 1998 r. w Domu Katolickim przedyskutowano i przyjęto przez głosowanie pierwsze dokumenty synodalne. Zgłoszone przez uczestników sesji poprawki rozważała Komisja Główna.
Czwarta sesja plenarna odbyła się 15 marca 1999 r. po której opracowane dokumenty zaaprobował bp Wacław Świerzawski.
Członków Synodu było 264, w tym 2 biskupów pomocniczych, 150 kapłanów, 10 kapłanów zakonnych, 1 brat zakonny, 25 sióstr zakonnych i 75 wiernych świeckich.
Ostatnia, piąta sesja plenarna Synodu odbyła się 16 kwietnia 1999 r. w bazylice konkatedralnej w Stalowej Woli. Podczas tej sesji podsumowano prace synodalne i biskup ordynariusz podpisał dekret zamykający II Synod Diecezji Sandomierskiej i promulgujący jego postanowienia obowiązujące od dnia 12 czerwca 1999 r. po pobłogosławieniu ich przez papieża Jana Pawła II.
Opracowano na podstawie: ks. Waldemar Gałązka, Drugi Synod Sandomierski – przebieg wydarzeń.